Lužnice pramení na Rakouské straně Novohradských hor ve výši 990 m. n. m., odkud zprvu teče k severu do Čech, ale po několika kilometrech se vrací zpět do Rakouska. Pod názvem Leissnitzbach teče v zákrutech Vitorazskem, aby již jako tok sjízdný pro sportovní lodě vtekla u Krabonoše opět na naše území. Lužnice je v převážné části svého toku typicky nížinná řeka s malým spádem a mírným stejnoměrným proudem. Ve svém horním toku meandruje písčitým korytem plným zákrut a slepých ramen, často zarostlým řečištěm s podemletými břehy a padlými stromy, které zpomalují plavbu.